Deze duinen zijn gevormd vanuit de resten van het oude Waddeneiland Huisduinen. Ten zuiden hiervan liggen de Donkere Duinen. Deze zijn ontstaan vanuit het kleine Waddeneilandje Ooghduinen. In de 16e eeuw stoof het gat tussen de twee eilanden dicht. Op deze plaats ligt nu het duinmeertje de Harmplas.
De Donkere Duinen is een aangeplant dennenbos, dat omgevormd wordt naar een afwisselend, natuurlijker bos. Er is een ringvormige eendenvijver met bossige oevers. In de Donkere Duinen kan het aardig druk zijn, want het is het enige wandelbos in de buurt van Den Helder.
Het Refugium is een zeven hectare groot gebied, ontstaan door natuurontwikkeling. Het ligt als een scheg tussen de bebouwing van Nieuw Den Helder, de Grafelijkheidsduinen en de Donkere Duinen. Het is ontstaan toen sportvelden omgevormd werden tot nieuwe natuur. Nu is het echt een eldorado voor bijzonder planten.
De Grafelijkheidsduinen en het Refugium worden begraasd door Schotse Hooglanders. In de Grafelijkheidsduinen helpen ook enkele Konikpaarden mee. De begrazing in dit soort gebieden zorgt voor een gevarieerde plantengroei. Op de ene plek wordt de vegetatie kort en de bodem schraal gehouden en op plekken waar veel mest terecht komt, kunnen planten groeien die van een voedselrijke bodem houden.
